第1話 始点
記憶喪失のユーリは星間航行船D.Q.O.の中で目を覚ます。
セツに連れられ、人間を襲い消滅させるという「グノーシア」を特定するための会議に参加することに。
第2話 ループ
ループして初日に戻ったユーリは、誰がグノーシアなのかを知った状態で会議に臨む。SQに疑いを向けようとするユーリだったが、思うように議論が進まず……？
第3話 新たな乗員
新たにしげみちとステラが加わり、７人で会議が行われる。
会議中、直感でグノーシアを見抜くユーリだったが、他の乗員の説得に苦戦することになる。
第4話 銀の鍵
グノーシアを特定し生存したにも関わらず、再び初日に戻り呆然とするユーリの前に、異様な迫力を持つ人物・夕里子が現れる。彼女は何かを知っている様子だが…？
第5話 野生の勘
新たにコメット、シピが加わった会議で、エンジニアを名乗る者が2人現れるも、彼らへの投票は避けるべきだとラキオが主張した結果、投票が集まったのは……？
第6話 懐かしい君に花冠を
新たな役職「守護天使」として会議に臨むユーリ。ジョナスとククルシカが加わり、12人で行われる会議で状況が混迷するなか、ある乗員が手を挙げる。
第7話 アンダスタァン？
オトメとレムナンの2人が加わり会議を始めようとするが、もう一人の乗員・沙明が部屋から出てこようとしない。一方、しげみちはステラへの恋心を語り始める。
第8話 留守番
人間であることが確定する役職「留守番」としてレムナンとククルシカが名乗り出る。
役職が増え複雑化する会議で、ククルシカに疑われた沙明はある行動に出て…。
第9話 グノーシアの世界
グノーシアとして目覚めたユーリ。
乗員らを欺くことに戸惑いを覚えつつも、同じ立場であるコメットの想いに触れ、セツとの約束通り己の役割を果たす決意をする。
第10話 国民粘菌
再びループしたユーリは、新たな自分の姿に驚く。
そんな中沙明の不参加によって会議は延期となり、困惑するユーリにラキオが語ったのは銀の鍵の秘密だった。
第11話 511
目覚めると、そこはユーリとSQが「留守番」の世界線だった。
互いに人間だと分かっている2人は距離を縮め、やがてSQは自らの「正体」について打ち明ける――。
第12話 アラコシア
噓をつき人を騙すことを極度に嫌うジナ。ユーリからループについて打ち明けられた彼女は、苦い過去を思い出し、グノーシアになることへの恐怖と抵抗を口にする。
第13話 インタールード
会議前に意識を失い医務室に運ばれたセツ。
互いが得た情報を共有しつつ、数百回のループによる疲労をにじませるセツに、ユーリは気分転換を持ち掛ける。
第14話 15人の会議
このループで生き残れば全てを教える。夕里子に条件を出されたユーリは15人の乗員全員が集まった会議に臨む。しかし、会議が始まると夕里子から思わぬ提案が。
第15話 最終問題
「エンジニア」のユーリにグノーシアと断定されたラキオだが、とある行動を根拠に潔白を主張。「AC主義者」の登場により会議は混迷し、ユーリは追い詰められる。
第16話 真実
目を覚ますとそこは船がグノーシア汚染を逃れた世界線だった。「宇宙の終わり」を示唆するククルシカにユーリが困惑する中、異常生体反応検知の警報が鳴り響く。
第17話 バグ
己が本来存在しない「バグ」であるという真実を知ったユーリ。
二重存在によって引き起こされる宇宙崩壊、その時間の環から、抜け出そうと藻掻くユーリだが…？
第18話 未来ある世界
ルゥアン脱出前——いつもループしていた日の一日前・「DAY0」に目覚めたユーリ。
そこで接触したセツは銀の鍵やループについて知らない様子で……？
第19話 エピローグ
ループを抜けたユーリだが、乗員たちはセツの記憶を失っていた。着陸した星でセツの痕跡を辿るも、存在自体が消失してしまった事実を突き付けられる。
第20話 星の世界へ
セツのループを終わらせるため、ラキオの「銀の鍵」を手にするユーリ。
再び鍵を宿そうとするユーリに、ラキオが声をかける。
第21話 終点と始点
次元の扉の先でセツと再会したユーリ。
そこは、最初に目覚めた銀の鍵を受け取る前の世界線だった。
そして、最後の話し合いが始まる――。
