ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する
シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュ。謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍
第三皇子クロヴィスのもとから、アッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこで、テロリストの一味であるカレンと対面する。カレンはルルーシュを、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主ではないかと疑う。正体を知
シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救お
ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュ
アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中
サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。先の戦闘、シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマ
河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコー
弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延している
日本解放戦線の本拠地がある成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山に向かう。コーネリアの攻撃に壊滅していく日本解放戦線の部隊
ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、命をかけて戦う覚悟を見せるコーネリア。スザクの操るランスロットの猛襲に、
思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャ
ナリタでの戦闘によって、起こったとある事実がルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をするルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。スザクの操るランスロ
シャーリーに秘密を知られたのではないかと疑い、彼女の後を追うルルーシュ。どう始末をつけるのかC.C.に問われるが、答えを持たなかった。その頃、シャーリーはナリタでマオという謎の男と出会う。マオは人の思
ルルーシュとの契約を破棄し、マオの元へ戻ると言い出したC.C.。ルルーシュの制止を聞かず、彼の元から去っていく。C.C.はマオの目的が自分であることを知っていた。そして、責任を取るために再びマオと会う
警察に撃たれたはずのマオが生きていた。ルルーシュに復讐を誓ったマオは、ナナリーを誘拐。制限時間内に救い出せるかどうかゲームをしようとルルーシュに持ちかける。危機を察したスザクは、ルルーシュとともにナナ
ブリタニア軍に捕らえられた藤堂中佐を救うため、四聖剣が黒の騎士団に協力を求めてきた。ルルーシュは彼らに藤堂の身柄奪還を約束し、チョウフ基地を攻める。その途中、ルルーシュはランスロットの猛撃に遭うが、黒
ユーフェミアの騎士となったスザク。C.C.はスザクにギアスをかけるようルルーシュに提言する。それを拒み、ユーフェミアに奇襲を仕掛ける黒の騎士団。この危機にランスロットが出動するが、ルルーシュは自らを囮
式根島から離れたところにある孤島・神根島で目覚めたスザクは、カレンと遭遇し、彼女が黒の騎士団のメンバーであることを知る。そんな頃、神根島に漂着したルルーシュは、そこでユフィと出会う。一方、島内の洞窟で
元枢木政権のメンバーだった澤崎敦がフクオカ基地を占拠し「日本」として独立を宣言。だが、それは中華連邦の傀儡に過ぎなかった。それに対しゼロは賛同せず、逆に黒の騎士団による真の独立国家をトウキョウに立ち上
世間が澤崎政権壊滅の話題で持ちきりとなっている頃、アッシュフォード学園では学園祭が開催されていた。政情不安を吹っ飛ばすかのように、生徒会メンバーを始め学生たちは大盛り上がり! だが、ユーフェミアの闖入
ユーフェミアの発案で、行政特区の立ち上げが決定した。驚喜するイレヴンたち。その記念式典にガヴェインで登場するゼロ。ゼロとして、そして兄としてユフィと対峙するルルーシュ。その時、それは起きた!
惨劇の式典会場。大混乱に乗じてトウキョウ租界に大攻勢をしかける黒の騎士団。ユーフェミアを救出すべく会場に突入したスザクはそこで…。エリア11と日本の未来をかけた戦いが始まった。
一斉蜂起したイレヴンたちを率いてブリタニア政庁を目指す黒の騎士団。それを迎え撃つべく出陣するコーネリア。その租界が突如崩落した。地盤を支える構造体自体を破壊するという恐るべき手段でブリタニア軍に大ダメ
死闘の末にコーネリアを追い詰めたルルーシュ。だが狂乱のジェレミアが乱入! 戦場が混乱する中、さらにナナリーの身に…。C.C.の助言を受け神根島へ向かうルルーシュ。果たしてそこが終焉の場所なのか!