東京西部の大部分を占める巨大な都市。総人口二三〇万人の約八割が学生というところから、そこは『学園都市』と呼ばれており、住民である生徒達には、超能力を開発する特殊なカリキュラムが組まれていた。学園都市の
謎のシスターさんを自分の部屋に匿い、上条はひとまず補習に出かけた。しかしその帰宅途中、自分の部屋の前でインデックスが血まみれになって倒れているのを発見する。それは、彼女を回収するため追ってきた魔術師の
インデックスの「自動書記(ヨハネのペン)」が発動し、九死に一生を得た上条。再び意識不明になったインデックスの傷をふさぐには魔術による治療が必要だった。しかし、超能力を持つ者はその開発の影響により、魔術
インデックスを追ってきた魔術師はステイルだけでは無かった。長刀を持つ女性の魔術師、神裂火織。上条は彼女の圧倒的な剣技で体を切り刻まれていく。貴方を殺す前にインデックスを「保護」させてくれという神裂に、
一〇万三〇〇〇冊もの魔道書の内容を頭の中に収めているため、常人の一五%しか脳を使えないインデックス。完全記憶能力を持つがゆえに、その記憶をきっかり一年周期で消さなければ、彼女は死んでしまう。その事実を
インデックスの記憶を一年周期で消さねばならない原因は、彼女の持つ完全記憶能力によって脳が圧迫されるせいでも、一〇万三〇〇〇冊の魔道書を記憶しているせいでもなかった。わずかな違和感から、上条はその事実に
とある事情でインデックスとクラスメイトの土御門と青髪ピアスの三人と共に、ファストフード店に立ち寄ることになった上条。満員の店内で相席することになったのは、食い倒れた自称「魔法使い」の巫女さんだった。電
三沢塾に囚われた少女の名は、姫神秋沙(ひめがみあいさ)。上条がファストフード店で出会った少女だった。ステイルとともに侵入した三沢塾のロビーには、甲冑を着た死体――ローマ正教の一三騎士団の遺骸があったが
吸血鬼を呼び寄せる姫神と、吸血鬼の力を必要とするアウレオルス。そして姫神には、 彼と行動を共にする「理由」があった。一方、上条を追って三沢塾にたどり着いたインデックスは、アウレオルスの手に落ちてしまう
インデックスに関わる事件に巻き込まれたせいで、結果的に夏休みの補習をサボることになってしまった上条は、8月下旬になっても、再補習を受け続ける日々を送っていた。学校からの帰り道、自販機にお金を飲み込まれ
拾った黒猫をつれて、ミサカとふたり「猫の育て方」の本を探しに古本屋を訪れた上条。目的の本を探し当てて、店の外に出てみると、猫と一緒に待っていたはずのミサカの姿はなく、おびえる黒猫の姿が残されているだけ
自分たちは美琴のクローンであり、殺されているのは「実験」だと言うミサカ。彼女たち――「妹達(シスターズ)」の正体と行なわれている実験について確かめるため、美琴の部屋を訪れ、彼女が巻き込まれている「事件
自らを犠牲にして「妹達(シスターズ)」を助けに行くという美琴は、立ちふさがる上条に容赦なく雷撃を浴びせる。しかし上条は、決して右手を使おうとしない。美琴がなぜそこまでするのかと問いかけると、倒れた上条
絶体絶命のミサカのもとへと駆け付けた上条は、桁違いな「一方通行(アクセラレータ)」の強さの前に防戦一方。しかし、反射的に突き出した上条の「右手」が、「一方通行(アクセラレータ)」の顔面に突き刺さる。圧
「一方通行(アクセラレータ)」を倒した無能力者(レベル0)として、一躍有名人となってしまった上条。統括理事会は、混乱が収拾するまでの間、彼に一時学園都市の外に出るように命令する。行先は海。不法滞在者の
上条の前に現れた赤いシスターはミーシャ=クロイツェフ。ロシア教会の対幽霊部隊『殲滅白書(Annihilatus)』に所属する彼女は、世界中でおこっている怪現象の大本となった大魔術『御使墜し(エンゼルフ
大規模魔術 『御使墜し(エンゼルフォール)』を止めるには、術者を倒すか、儀式場を壊すか、どちらかしかない。いくつかの不審な行動からミーシャが術者だと予測した上条と土御門は、彼女を追って上条家へと向かう
夏休みの最終日。まったく手をつけていない宿題に悪戦苦闘する上条。一方、いつもどおりの日常を過ごしている御坂美琴。日課のコンビニへの立ち読みに出かけようと学生寮の玄関を出ると、ひとりの男が待ち構えていた
『絶対能力進化(レベル6シフト)』計画の失敗――上条とのケンカに負けたことで、日々、不良たちの襲撃を受けるようになってしまった「一方通行(アクセラレータ)」。立ち寄ったコンビニからの帰り道、彼の前に汚
『ミサカネットワーク』を統括する個体として作られた「打ち止め(ラストオーダー)」。彼女を引き取ってもらおうと、『絶対能力進化(レベル6シフト)』計画の担当研究者・芳川桔梗の元にやってきたアクセラレータ
インデックスとの出会いに始まった上条の長い夏休みは、どうにか終わりを告げた。そして始まる新学期。上条のクラスには、小萌先生の家に居候していた姫神秋沙が転入生として現れる。一方、留守番を任されていたイン
放課後。上条とインデックスは、「ともだち」になった風斬とともに地下街へ。食事をしたり『魔法少女カナミン』コスプレに着替えて撮影をしたりと、インデックスいわくの「ガッコー生活」を楽しんでいた3人だったが
地下街は騒乱の渦中にあった。上条と別行動をとっていた風斬の前に、学園都市に潜入した魔術師・シェリー=クロムウェルの放ったゴーレムが立ちはだかる。その巨腕がまさに振り下ろされんとした時、小萌先生から彼女
上条、風斬を仕留めそこなったシェリーは、インデックスにその矛先を向けた。上条、風斬はそれぞれの想いを胸に、インデックスを助けるべく行動を開始する。地下鉄構内でシェリーと対峙した上条は、彼女の口から戦う
夏休みも終わりに近づいた頃。美琴との疑似デートに連れ回されたり、そのついでにアステカの魔術師と戦うハメになったりと、上条の日常は相変わらずにぎやかで忙しかった。当然、山積していた夏休みの課題はまったく
暗号で書かれた魔道書『法の書』と、それを解読できる修道女が、天草式十字凄教によって拉致される。元・天草式の教皇(プリエステス)である神裂と連絡が取れない事態に、魔道書の持ち主であるローマ正教との衝突を
天草式十字凄教により、上条たちの目の前で再びさらわれてしまったオルソラ。上条はステイル、ローマ正教のアニェーゼたちとともに、彼女を救うべく、天草式の潜むパラレルスウィーツパークへと向かう。彼らが特殊な
オルソラの保護に成功した上条たち。しかし、天草式十字凄教教皇代理の建宮は、彼女をローマ正教に渡してはいけないという。『法の書』の解読ができるオルソラは秘密裏に殺される。直前にローマ正教のシスターたちに
インデックスの「魔滅の声(シェオールフィア)」を破り、再び攻勢に転じたローマ正教のシスターたち。数において絶対の劣勢を強いられる上条たちは、なんとか聖堂のひとつに逃げ込むことに成功する。逆転の策は『法
大覇星祭を間近に控え、なにかと忙しい学園都市。常盤台中学の全体体育授業を終えた美琴とともに、ランジェリーショップでの買い物に出かけた黒子。しかし初春から強盗事件の一報を受け、渋々「風紀委員(ジャッジメ
『座標移動(ムーブポイント)』の能力を持つ少女・結標と対峙する美琴の姿を見、その言葉を聞いてしまった黒子。美琴の世界を守るべく、逃亡する結漂を追いつめ、戦うことを決意する。一瞬の攻防が勝敗を決する『空
学園都市すべての学校が参加する大規模運動会「大覇星祭」。学園都市が一般開放される数少ないイベントとあって、開会式前から大盛況。いつものように美琴に絡まれた上条は、「負けたら何でも言うことを聞く」という
聖人を一撃で葬る霊装『刺突杭剣(スタブソード)』が学園都市に持ち込まれたと土御門らに聞かされ、大覇星祭の真っ最中に捜索を協力することになった上条。偶然にも、事件の張本人である運び屋・オリアナ=トムソン
なんとか罠を解除するも、オリアナの魔術により吹寄が倒れてしまう。無関係の一般人すら巻き込むオリアナのやり方に激怒する上条。ステイルのサポートを受けて、上条は土御門と共にオリアナを追いつめるが、あと一歩
『刺突抗剣』の正体が『使徒十字(クローチェディピエトロ)』であると判明したことで、リドヴィアの本当の目的を知った上条たち。この状況が明るみになり、インデックスが動くことになれば、外部の魔術師の侵入を許
かろうじてオリアナの襲撃を退けた土御門。しかし、吹寄に続いて、姫神までがオリアナの手にかかり、重傷を負ってしまう。一般人を巻き込むことも辞さない彼女たちのやり方に、強い怒りを覚える上条。しかしそれは、
イギリス清教からもたらされた追加報告によって、『使徒十字』の使用条件を知った上条たち。オリアナの目的地『天文台』をどうにか特定した彼らは、土御門の「裏技」を使って、その目的地--第二三学区の飛行場へと
大覇星祭最終日に行われる大抽選会・来場者ナンバーズ。不幸の代名詞であるはずの上条は、何を間違ったか、一等賞の北イタリア五泊七日のペア旅行に当選してしまう! そしてなぜかパスポートを持っていたインデック
突然の襲撃を受けた上条たち。運河から現れた巨大な氷の帆船に乗り込むことになった上条とオルソラは、そこで意外な人物--アニェーゼと顔を合わせる。氷の帆船は大規模霊装『女王艦隊』の護衛艦の一隻で、彼女は侵
天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。『女王艦隊』に突入し、かつての仲間たちと戦うルチアとアンジェレネ。一方、旗艦である『アドリア海の女王』にたどり着いた上条とインデッ
大覇星祭でとある約束をとりつけ、ご機嫌な睡眠と素敵な夢を満喫する夜を送っている美琴。同室の黒子は、毎夜発せられる愛すべきお姉様の甘美なる寝言に身もだる、眠れぬ夜を送っていた。一方、退院した一方通行(ア
ここはイギリス、ロンドン。ローラとステイルが愉快な、しかし命がけのドツキ漫才を展開したり、『必要悪の教会(ネセサリウス)』の女子寮に届けられた最新鋭の全自動洗濯機を前に神裂が悪戦苦闘したり、オルソラた
紆余曲折を経て、打ち止め(ラストオーダー)と再会した一方通行(アクセラレータ)。はしゃいで転んだ彼女を手当てするべく薬局に向かった彼の前に、突然、黒づくめの集団が現れる。『猟犬部隊(ハウンドドッグ)』
絶体絶命の一方通行(アクセラレータ)の前に現れたインデックス。場違いな乱入者に木原たちが見せた隙を逃さず、一方通行は車を奪って彼女とともに逃走する。巻き添えを避けるべく、助力を仰いだカエル顔の医者に、
『猟犬部隊(ハウンドドッグ)』を追いつめ、次々と潰していく一方通行(アクセラレータ)。統括理事会からの命令で打ち止め(ラストオーダー)が捕えられたことを突き止めた彼は、学園都市を敵に回す覚悟をする。彼
打ち止め(ラストオーダー)を救うため、『ベクトル操作』の通じない相手--木原との絶望的な戦いに挑む一方通行(アクセラレータ)。チョーカーの電池切れで能力はおろか、まともに立つことすらできないはずの彼は
ヴェントの襲撃に伴う騒動が解決した学園都市。上条にもこれまで通りの日常が戻ってくる。ご飯の支度に忙しかったり慎ましやかにお弁当の交換を楽しんだり、小萌先生の家に結標が転がり込んだり、インデックスを交え
世界各地で次々と起こる科学サイドへのデモや抗議活動。学園都市への風当たりはさらに厳しいものとなっていた。緊迫する世界情勢の中、もうひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。それは、酔っ払った御坂美鈴が学園都