2009年、墜落艦から全人類の期待を受け修復が完了した巨大宇宙戦艦マクロス。その進宙式の式典が盛大に執り行われようとしていた。しかしその頃、正体不明の異星人艦隊が地球に接近しつつあった。
艦隊から偵察
マクロスの放った主砲でゼントラーディ軍と交戦状態に突入したことで、南アタリア島は戦場と化す。その混乱の中、輝がなりゆきで出撃したVF-1Dが空中戦で被弾。不時着した市街地でミンメイと出会う。輝は自分の
輝とミンメイは、戦火の中でフォッカーのVF-1Sに救出され、マクロス艦内へ避難する。
ところが南アタリア島から発進したマクロスは、ゼントラーディ軍の猛攻により、宇宙での統合軍艦隊との合流を阻まれる。グ
フォールドの結果、マクロスは南アタリア島一帯の市街地とともに冥王星軌道に転移。グローバル艦長は、5万人以上の市民の収容を指示する。これに巻き込まれた輝とミンメイは、小型機で宇宙を漂流。
ようやくマクロ
マクロス艦に収容された市街地と市民は、艦内に街を再現。地上のような暮らしを再現していた。マクロス艦は空母プロメテウス、ダイダロスと連結し、戦力を補強する。だがフォールド・システムは消失したままの通常航
統合軍に入隊した輝は日々、厳しい訓練を続けながら、フォッカーの部隊でVF-1バルキリーのパイロットとして出撃する。マクロスでは敵攻撃からの防衛策として小範囲なバリアを移動させながら防御するピンポイント
マクロス艦を撃破できないことにいら立つゼントラーディの司令官ブリタイは、激しい攻撃手法をとる機甲師団長カムジンを召喚。マクロス艦を火星で生け捕る作戦にでた。火星軌道内へ到達したマクロスに、無人のサラ基
マクロスの航海開始から8ヶ月。ミンメイは、艦内で16歳の誕生日を迎えようとしていた。
一方、輝はこれまでの戦果を認められて少尉へ昇進。マックス、柿崎の2人を率いる小隊長になる。ミンメイの誕生日を祝うパ
マクロス艦内放送局の開局を記念して、「ミス・マクロス・コンテスト」が開催された。ミンメイも歌手を目指して出場することになる。その頃、輝は軍務に追われ、ミンメイとすれ違う機会が増えていた。コンテスト当日
偵察からもどったワレラたち3人はマクロス艦内の様子をブリタイに報告するが、要領を得ない。カムジンは捕虜の捕獲を進言した。捕獲作戦によるカムジンの攻撃で広域監視レーダーを破壊されたマクロス艦。未沙は敵情
ブリタイの驚異的な戦闘能力の前に、輝と柿崎のバルキリーは大破。2人は未沙とともに捕虜になる。ブリタイとエキセドルは、輝や未沙の身体を分析し、その構造がゼントラーディとほとんど同じであることを知り、不安
ゼントラーディ艦の独房に収監されてしまった未沙と輝たちは、脱走を計画する。マックスはVF-1Aでゼントラーディ兵に変装し、輝たちと合流。敵艦からの脱走をはかる。一方ボドルザーはロリーたち3人に地球人を
敵艦から奇跡的に生還した輝、未沙、マックス、柿崎。未沙が報告する敵基幹艦隊の戦力規模に、がく然とする首脳陣。グローバル艦長は、この事実を統合軍本部へ伝えるべく、敵包囲網の突破を決断する。昇進した4人は
緊急のフォールド措置で冥王星軌道まで転移してから1年。マクロスは、ついに地球に帰還した。しかしゼントラーディ軍は、地球上空の包囲網を維持。統合軍の戦力を凌駕するという基幹艦隊の存在とともに、より深刻な
地球帰還の喜びにわき立つマクロス市街地では、大規模な祝祭が催された。にぎわう人々の中にはワレラ、ロリー、コンダも混じっている。一方、グローバル艦長と未沙は、アラスカの統合軍本部に出頭。しかし軍上層部は
カイフンは、ミンメイの保護者としてマクロスに乗艦する。彼に初恋の人、ライバー少尉の面影を重ねる未沙。突撃してきたカムジン部隊との戦闘の際、未沙は心の動揺からダイダロス・アタックのタイミングを外してしま
ダイダロス・アタックに巻き込まれ重傷を負った輝。マクロス内の病院に収容されたが、頭部打撲により昏睡状態から朦朧とした意識のまま、悪夢にうなされる。夢の中でミンメイは歌手デビューをはたし、ファースト・コ
マクロスは、艦内避難民の受け入れ先を求め、唯一受け入れを申し出た北米・オンタリオ自治区に向かう。フォッカーの死を悲しむ輝を慰めようとマックスと柿崎は、輝を街へ誘う。そこへカムジンの部隊が襲来。輝たちは
ボドルザーは、マクロスのバリアの爆走を新兵器と誤解。その脅威に対応すべく、ブリタイを再び地球圏へ派遣する。併せてロリーたち3人のスパイは、ブリタイ艦隊へ帰還。マクロスでの暮らしに魅せられた彼らはマクロ
マクロス艦内では、ミンメイとカイフンの主演映画「小白龍」が上映初日を迎えていた。忙しい芸能界の日々に疲れを感じ始めたミンメイは輝に会いたいと、映画館の初日に輝を招待する。しかし、輝はミンメイのキスシー
映画「小白龍」を見て地球人に脅威を感じたボドルザーの命令により、ブリタイはマクロス捕獲作戦を開始。マクロス艦内を制圧すべく、カムジン率いる突入部隊が内部へ侵入する。その部隊にマクロスへの亡命を希望する
戦火に包まれる市街地を突き進む、カムジンの部隊に異変が起きた。マクロス艦内に突入したゼントラーディ兵は、初めて見る街の様子やミンメイの歌声を聞き、カルチャーショックを受ける。その影響で戦意を失い、戦闘
未沙はゼントラーディ軍との和平の第一歩として、地球へ向けて出発する。未沙は報告書を携え、単身シャトルで統合軍本部のあるアラスカ基地へ向かう。未沙は、シャトルの通信機から、輝に最後の別れを告げる。カムジ
夜9時の公園でマックスはミリアとの再会を待っていた。そこへナイフを手に襲い掛かるミリア。ミリアのナイフをかわしたマックスはミリアの手からナイフを叩き落とし、マックスの勝利で決着がつく。マックスとミリア
マクロスとの停戦交渉を決意したブリタイは、エキセドル参謀を和平使節としてマクロスに派遣した。エキセドルにとってはマクロス艦内で見るもの全てが珍しく、統合軍幹部を質問攻めにあわせる。エキセドルは、「文化
ボドルザー基幹艦隊が地球を包囲。その一斉砲撃は地表を瞬時に焦土と化した。決戦前、輝は生還できない覚悟で「みんなのために歌ってほしい」とミンメイに伝える。マクロスとブリタイの合同艦隊はボドルザーの基幹艦
ボドルザーの基幹艦隊との決戦から2年。わずがに生き残った人々により地球は復興の兆しを見せつつあった。地球人の民間人とゼントラーディ人が共存し、マクロス・シティをはじめ、各地には都市が再建されていた。輝
エキセドルは、プロトカルチャーに関して研究結果をグローバルや輝、未沙に報告した。地球人とゼントラーディ人は、元をたどれば同じ種族であり、どちらも好戦的な性質を持っているという。一方ミンメイは、コンサー
統合政府は軍備増強を計画。その一環として、ゼントラーディ側の自動工場衛星の奪取作戦が立案された。作戦遂行のため、輝、未沙、クローディア、そしてエキセドルら混成部隊でブリタイ艦を訪れた。この任務にはマッ
工場衛星は地球の近くに設置され、兵器の量産が始まった。マイクローン化装置の強奪を狙うカムジン一味が、トラッド・シティで暴動を起こす。輝の部隊はこれを鎮圧。輝は市長に、装置の管理を新政府へ移すよう勧告す
カムジンは、強奪したマイクローン化装置で、反乱分子の仲間を再び巨人化していく。これにより、カムジンの組織は一気に勢力を拡大。ミンメイとカイフンを誘拐し、人質にとったカムジンは、新政府に戦艦1隻の引渡し
ミンメイへの嫉妬から、輝に厳しい態度で接する未沙。輝のほうもそんな未沙の態度に気分を害し、2人の関係は険悪なムードになってしまう。輝に対して素直になれない自分に悩み、後悔する未沙。クローディアはそんな
輝と未沙は、デートに出かける約束を交わす。輝から誘われ喜んだ未沙は手作りのお弁当を作る。ところが約束の当日、突然輝のもとミンメイから電話がかかってきた。今すぐ会いたいと話すミンメイ。優柔不断な輝は迷う
クリスマスを迎えたマクロス・シティ。街にはミンメイ失踪の報道が流れていた。自分が歌うことの意味を見失い、逃げるように街を彷徨うミンメイ。ミンメイの足は輝の宿舎に向かっていた。ミンメイが頼れるのは、いま
未沙は輝のことをあきらめ、軍を辞めようと考えていた。一方ミンメイは、輝の家に身を寄せ、輝に軍人を辞めるように懇願する。二人の女性の間で、揺れる輝。そんな時、グローバル艦長は未沙に対し、宇宙移民のための