第一幕「斬る男」
天涯孤独の少年、心太は剣豪の比古清十郎の弟子となり、“剣心”の名と“飛天御剣流”を授けられる。長じて奇兵隊の少年兵となった剣心は、長州藩の桂小五郎に剣の腕を買われ、人斬りとなるが…。
第二幕「迷い猫」
剣心は、辻斬りの現場で出会った女、雪代巴と生活をともにするようになっていた。ある日、動乱の渦中にある京都で、幕府側の剣客集団・新撰組が勤皇志士過激派を急襲。“池田屋事件”が勃発する!!
第三幕「宵里山」
剣心と巴は大津に逃れ、夫婦として暮らし始めた。静かな毎日の中で、剣心は自分が守るべき幸せとは何であるかを自覚していく。しかしある日、恐ろしい使命を帯びて、巴の弟である縁が里を訪れる…!!