199X年、世界は核の炎につつまれ、残された人類のうち強い者だけが生き残れるという、暴力だけが支配する世界となっていた。そして、その中に一子相伝の暗殺拳の使い手ケンシロウがいた。
ある村で種モミをスペード一味に奪われたじいさんを、バットの手柄もあって取り返すことに成功するケンシロウたち。しかしケンシロウたちが去った後、じいさんは殺され村も全滅に。怒りに震えるケンシロウは・・・
KINGを名乗るケンシロウの宿敵シン。ケンシロウを追って村を出たリンがそんなKING軍団の捕虜になってしまった。それを知ったケンシロウはKING支配下のドラドの街に向かい、リンを救うべくダイヤ、クラブ
ケンシロウに配下たちを殺されたシンはハートに抹殺命令を下した。そのハートとは一見温厚そうだが、自分の血を見ると「いてえよぉ~」と叫び逆上。しかも秘孔をつけないゴムのような肉体はケンシロウを苦しめる。
かつて、力ずくでケンシロウからユリアを奪ったシン。だが、シンと暮らすユリアの顔に笑顔が浮かぶことはなかった。ユリアの心の中には、常にケンシロウがいたのだ。ケンシロウはシンとユリアを追い求めて、シンの城
砂漠のオアシスの街で休息をとるケンシロウたち。しかしこの街は神の軍隊と名乗るゴッドアーミーに支配されていた。警備隊長に因縁をつけられたことで、交首破顔拳で葬り去るケンシロウだったが・・・
ゴッドアーミーの残虐な悪行に怒りを覚えたケンシロウは、そのボスであるカーネルのいるという塔に乗り込んだ。しかし、相手の動きを予測するカーネルが放つブーメランや南斗無音拳によって傷を負ってしまう。
湖の水を支配し村人を苦しめていたパトラとドラゴン一味。そんなドラゴンが「自分はシンを裏切るから、手を組まないか」とケンシロウに持ちかけてきた。手のひらをかえし、自分を城の罠で始末しようとする卑劣なドラ
トヨばあさんが殺され、復讐に燃えるケンシロウはウォーリアーズを追い、ジャッカルを追いつめる。ぶざまに逃げ惑うジャッカルにケンシロウによる処刑がせまる。
ジョーカーはジャッカルを連れ去り、悪魔デビルリバースの開放を命令。狂ったように暴れるデビルリバースの古代インドに伝わる羅漢仁王拳にケンシロウはてこずる。
かつてダンテと悪事を働いていたデュランだが、今は村人からも信用される存在に。しかしそんなある日、ダンテが村人を人質にケンシロウ抹殺の命令をしてくる。
勇敢な青年になったバットと美しく成長したリンは、ジャコウと天帝の圧制に苦しむ人々を助けようと『北斗の軍』を結成。だが、戦いなれぬ人々を率いて、苦戦を続けていた。彼らは、伝説の救世主ケンシロウの出現を待