王太子セシルは10歳の折、バーティアを婚約者に迎えた。前世の記憶を持つという彼女は、ここはかつてプレイした乙女ゲームの世界であり、自分は悪役令嬢であると言う。突飛な発言は、退屈だったセシルの心に好奇心
とある乙女ゲームの世界に転生したバーティア。
自称悪役令嬢である彼女は完璧すぎる王太子・セシルと婚約することに。しかし――
「私は殿下とヒロインの仲を引き裂き、ギャフンされなければならないのですわ!
変えてしまったシナリオを修正するため奮闘するバーティア。一方セシルは、全寮制であるハルム学院へ入学することに。別々に過ごす時間が増えた頃、バーティアの母親が懐妊するも、バーティアには一つ不安があった。
時を経て、セシルのいるハルム学院へ入学を果たすバーティア。同時期には、乙女ゲームのヒロイン・ヒローニアも入学していた。セシルのハッピーエンドを願うバーティアは、二人を近付けようと奮闘するが……。
セシルがヒローニアと幸せになるには、逆ハールートの回避が不可欠。そのためにもバーティアは、セシルの側近候補たちが他の令嬢と結ばれるよう、恋のキューピッドになることを決意した。
シナリオ通りに進まない状況に痺れを切らし、バーティアへの態度が酷くなるヒローニア。セシルが遊学へ向かった頃から、彼女のものと思われる嫌がらせは日に日にエスカレートしていって……?
バーティアが階段から突き落とされたことを知り、これまで味わったことのない感情に襲われるセシル。生徒会のメンバーとともに報復に乗り出す。真犯人を捕まえるため、一同は中庭に集結した。
高等部に上がったバーティアは、セシルを避けるようになっていた。考えを巡らせたセシルは、『運命の乙女』とは何か調べるために、父の元を訪れる。運命の日である卒業式はすぐそこにまで迫っていた。
卒業パーティー当日。シナリオ通りギャフンされるべく覚悟を決めたバーティアだが、セシルは別の筋書きを用意していた。悪役令嬢であるバーティアを断罪しようと声を上げるヒローニアだが……。
光の精霊(ピーちゃん)の力で気絶したセシルは、意識空間で可能性(イフ)の世界を追体験させられる。ゲームシナリオに沿った世界のセシルは人形のように冷たく無感情で、それを体感するセシルの意識も人形へと近づ
ピーちゃんの消滅を見届けて目覚めたセシル。けれどバーティアの抱える不安は、断罪イベントが終わった今も続いていた。セシルはバーティアを説得し、この先の未来について書かれた各ルートのシナリオを聞くことに。