199X年、世界は核の炎につつまれ、残された人類のうち強い者だけが生き残れるという、暴力だけが支配する世界となっていた。そして、その中に一子相伝の暗殺拳の使い手ケンシロウがいた。
ある村で種モミをスペード一味に奪われたじいさんを、バットの手柄もあって取り返すことに成功するケンシロウたち。しかしケンシロウたちが去った後、じいさんは殺され村も全滅に。怒りに震えるケンシロウは・・・
KINGを名乗るケンシロウの宿敵シン。ケンシロウを追って村を出たリンがそんなKING軍団の捕虜になってしまった。それを知ったケンシロウはKING支配下のドラドの街に向かい、リンを救うべくダイヤ、クラブ
ケンシロウに配下たちを殺されたシンはハートに抹殺命令を下した。そのハートとは一見温厚そうだが、自分の血を見ると「いてえよぉ~」と叫び逆上。しかも秘孔をつけないゴムのような肉体はケンシロウを苦しめる。
かつて、力ずくでケンシロウからユリアを奪ったシン。だが、シンと暮らすユリアの顔に笑顔が浮かぶことはなかった。ユリアの心の中には、常にケンシロウがいたのだ。ケンシロウはシンとユリアを追い求めて、シンの城
砂漠のオアシスの街で休息をとるケンシロウたち。しかしこの街は神の軍隊と名乗るゴッドアーミーに支配されていた。警備隊長に因縁をつけられたことで、交首破顔拳で葬り去るケンシロウだったが・・・
ゴッドアーミーの残虐な悪行に怒りを覚えたケンシロウは、そのボスであるカーネルのいるという塔に乗り込んだ。しかし、相手の動きを予測するカーネルが放つブーメランや南斗無音拳によって傷を負ってしまう。
湖の水を支配し村人を苦しめていたパトラとドラゴン一味。そんなドラゴンが「自分はシンを裏切るから、手を組まないか」とケンシロウに持ちかけてきた。手のひらをかえし、自分を城の罠で始末しようとする卑劣なドラ
トヨばあさんが殺され、復讐に燃えるケンシロウはウォーリアーズを追い、ジャッカルを追いつめる。ぶざまに逃げ惑うジャッカルにケンシロウによる処刑がせまる。
ジョーカーはジャッカルを連れ去り、悪魔デビルリバースの開放を命令。狂ったように暴れるデビルリバースの古代インドに伝わる羅漢仁王拳にケンシロウはてこずる。
かつてダンテと悪事を働いていたデュランだが、今は村人からも信用される存在に。しかしそんなある日、ダンテが村人を人質にケンシロウ抹殺の命令をしてくる。
すべての力を結集してケンシロウを倒すことを宣言するシンの下にKINGのそうそうたるメンバーが集結した。そんな中ユリアは自分はケンシロウに言われた願いの為だけに生き続けていると語る。
ジェニファーの村をガレッキー&ゴールドウルフが襲う。一方、ユリアを脱出させようとした罪で処刑されそうになっていたテムジナが釈放。ケンシロウにサザンクロスの場所を伝えるべく旅立った。
テムジナが命と引き換えに教えてくれたサザンクロスを目指すケンシロウたちであったが、バルコム将軍のヘリ軍団の攻撃を受け、ケンシロウは生死不明になる。
バルコムの反乱によりシンの築いたサザンクロスは混迷に・・・一方、死んでしまったかに見えたケンシロウが復活、ついにシンとケンシロウの宿命の対決か!!
ついに宿敵シンと対決することになったケンシロウ。しかし、ユリアは自殺して他界したことを告げられショックを受ける。が、シンもユリアの後を追うように自殺を図った!
サザンクロスを後にしたケンシロウたち。荒野でケマダ率いる牙一族に出くわすが一蹴。次の村に辿り着くとそこにはユリアに似たマミヤという村のリーダーがいた。
ケンシロウに苦戦するケマダ。そんな時女装をして悪党を寄せ付け皆殺しにするという謎のレイが現われ、その男に目をつけたケマダは手先としてレイを村に潜り込ませる。そしてその時レイのとった行動とは以外にも・・
マミヤの弟コウが牙一族に襲われ公開処刑がされた。遺体にはマミヤのバースデイケーキに添えるイチゴが・・・怒りに燃えるケンシロウとレイはマミヤに代わって仇を討つことに!
ケンシロウとレイ、北斗と南斗が牙一族殲滅の為立ち上がった。レイに戦いをやめるよう進言され、置いていかれたマミヤであったが、後に合流、共にギハラ隊に立ち向かう。
牙大王が奥の手として探し出してきたレイの妹アイリが目の前に現われ、我を忘れて暴走するレイ。アイリも兄レイの存在に気付き、再会が果たされようとするが・・・
マミヤはアイリを取り戻すべくケンシロウのフィアンセだと名乗り出て、牙大王の元へ行くが、捕らわれの身に。そして、牙大王はレイにケンシロウを殺せと命令する。
勇敢な青年になったバットと美しく成長したリンは、ジャコウと天帝の圧制に苦しむ人々を助けようと『北斗の軍』を結成。だが、戦いなれぬ人々を率いて、苦戦を続けていた。彼らは、伝説の救世主ケンシロウの出現を待